科学上的每一项成就，都是对宗教和传统的神学权威的一次有力打击，因此，不论是天主教还是新教，对于自然科学的研究活动都是禁止和阻挠的。许多科学家为追求真理而被送进了宗教裁判所的牢狱和火刑场。

创立了解剖学的尼德兰外科医生维萨留斯(1514–1564)，在1543年写了一本附有插图的著作《论人体构造》。这本书对于研究人的骨、脉、脑及内脏等贡献很大，为后来发现血液循环打下了基础。天主教会认为他的研究成果“大逆不道”，西班牙宗教裁判所宣判了他的死刑。由于国王腓力二世的干涉，维萨留斯被免于火焚，但在受命朝拜耶路撒冷圣地的归途中死去。

西班牙医生塞尔维特(1509-1553）是血液循环理论的重要发现人之一。他在所写的名著《基督教的复兴》（1553年出版）中，提出了人的心肺之间血液小循环的学说。但他也因此在日内瓦被新教的加尔文等人处以火刑，经慢火活活烤了两个小时才死去。

德意志的天文学家开普勒（又译为刻卜勒，1571-1630），因为继承和发展了哥白尼的“日心说”，结果遭到教会的多次迫害，他在饥寒交迫中病逝，他的著作《新天文学》被列入目录由于教会把“地心说”同上帝“创世说”联系在一起，所以哥白尼长期被罗马教廷视为“叛教者”。从哥白尼的“日心说”诞生之日起，便受到宗教势力的诬蔑和围攻。他的观点不许宣传讲解，他的研究成果不准发表。罗马教皇把哥白尼的“日心说”宣布为“异端邪说”。德意志宗教改革领导人马丁路德也讽刺哥白尼说：“今天喜欢卖弄聪明的人总爱选出一些新花样，并且认为凡是自己干的总是好的。只有傻瓜才把整个天文学推翻呢！”在如此艰苦的环境下，哥白尼坚持《天体运行论》的写作达20年之久。

意大利科学家布鲁诺（1548–1600）提出了宇宙是无限的和统一的新理论。他所撰写的文章对《圣经》提出了怀疑，动摇了基督教信仰的基础。1573年，至少有130处宗教裁判所指控他为“异端”，罗马教廷开除了他的教籍。1592年，罗马教皇把长期流亡国外的布鲁诺骗回意大利，宗教裁判所将他投入监狱。布鲁诺被囚禁达七年之久，最后教会宣布对他处以火刑。1600年2月17日，布鲁诺被烧死在罗马鲜花广场上。